狂犬病
與其他哺乳動物（包括、熊貓、狐狸和寵物狗）一樣，蝙蝠可以攜帶狂犬病。狂犬病是一種病毒性疾病，影響包括人類在內的哺乳動物的神經系統，是與蝙蝠相關的最重要的公共衛生問題。
狂犬病通常通過動物的咬傷傳播，但在少數少數情況下，可能會從受感染的哺乳動物的水流傳播到另一隻哺乳動物的眼睛，鼻子，嘴巴或傷口。因為狂犬病是一種致命的疾病，所有野生哺乳動物應從遠處看，並視為「野生動物」。
通常，野生動物不會攻擊人類，除非被角落或被刺激。偶爾，可能會發現蝙蝠在地面上或被發現懸在樹或灌木上。在任何一種情況下，都不要試圖拿起蝙蝠。任何看起來「表現異常」的蝙蝠都應小心處理，並保持一個人。
如果蝙蝠位於必須移除它的地方，那麼您應該戴一雙皮手套，然後用長柄鏟將蝙蝠拿起。如果它看起來還活著，請將蝙蝠移動到沒有寵物或人類交通的區域。嘗試將蝙蝠放在叢林或樹枝上，目標是將蝙蝠從地上移開，遠離兒童和寵物無法觸及的地方。如果蝙蝠死了，那麼把它埋在地上足夠深，以便寵物無法挖出它。
由於狂犬病只能在實驗室確認，在任何懷疑人類接觸的情況下，應該收集蝙蝠（請參閱房屋或建築物中的滋擾蝙蝠）。您當地的衛生部門將能夠派動物去進行狂犬病測試。
如果蝙蝠咬你，請收集動物進行狂犬病檢測，用肥皂和水清洗該區域，然後立即尋求醫生意見。如果您在孩子的房間或者睡覺的房間中發現蝙蝠，請收集蝙蝠以進行狂犬病檢測，並尋求醫生意見。
通常，人們知道蝙蝠何時咬他們，但由於蝙蝠的牙齒很小，因此可能會有個人不知道接觸。
Histoplasmosis
組織細胞病是一種微型真菌，出現在土壤中以及鳥類和蝙蝠的糞便中。這是一種空氣中的疾病，會導致類似流感的症狀，包括乾咳、發燒和身體疼痛。雖然組織質瘤通常不會令人疲弱，但嚴重的病例可能會危及生命。
房主可能會接觸這種疾病的最可能的情況是如果他們在閣樓上有一個大量蝙蝠殖民地。在這種情況下，可能會出現瓜諾堆，應謹慎處理。
將蝙蝠從閣樓排除後（請參閱房屋和建築物中的滋擾蝙蝠）後，應移除瓜諾堆，而不需進一步分散瓜諾或灰塵顆粒。工人應佩戴適當裝置的呼吸器，能夠過濾直徑小於兩微米的顆粒。
寄生蟲
外部寄生蟲會感染蝙蝠，但通常不會造成人類健康問題，主要是由於蝙蝠和人之間缺乏物理接觸。此外，許多寄生蟲都具有相當特定的宿主。一些感染蝙蝠的寄生蟲是我們在徒步旅行時可能會遇到的寄生蟲，例如飛鼠、甲蟲和跳蚤；其他包括蚊蟲和寄生蟲鼠。